1978年10月に香川医科大学が開設され、1981年4月に小児科学講座が大西鐘壽教授を初代教授として開講しました。本邦の新生児学の基盤、発展に貢献され、発達薬理学を基礎として小児未承認薬の問題解決に先駆けて取り組み、母児相互作用の視点からの母乳栄養の重要性を啓蒙しました。特に高速液体クロマトグラフィーや、近赤外光分光法等、最新の分析機器を駆使して、新生児学領域における微量計測、非侵襲的計測の道を開拓され、新生児ビリルビンや酸素、薬物代謝研究を推進されました。また当時、小児使用される薬物の殆どが未承認薬であることを問題視し、その取り組みを始めました。

2001年4月には伊藤進教授が第2代教授に就任しました。主に地域医療への貢献を行い、日本小児科学会香川地方会、香川小児科医会、香川県小児保健協会として、日本の主要な各学会と同じ枠組みを作り、三者の協力体制の基での活動を開始しました。また、2004年からの約4年間は、医師主導型治験の第一号として、静注用フェノバルビタールを新生児けいれん及びてんかん重積状態の適応取得を実施しました。他にも、2005年には大学附属病院に、総合周産期医療センターを開設しました。

2014年4月からは、現在の教授である日下隆教授が第3代教授に就任し、『成熟する小児科』を表題として個々の教室員が人間的に成熟する教室を目指しています。2019年5月には「小児・新生児領域における若手医師、研究者のための国際教育セミナー」(IPOKRaTES seminar)を本邦で初めて開催しました。

当講座の歴代教授の専門分野は新生児学であり、一般小児領域だけでなく、新生児領域にも注力していることが特色です。