香川大学医学部は、1978年（昭和53年）に「香川医科大学」として設立された単科の国立医科大学が前身です。当時、全国で進められた「一県一医大構想」の一環として設立され、地域の医療を支える中核としてスタートしました。

香川医科大学が開学したのは1978年（昭和53年）10月です。開学以来、三木キャンパス（木田郡三木町池戸）の豊かな自然に囲まれた環境の中で、多くの医師・医療人を輩出してきました。その後、2003年に香川大学と統合し、現在の総合大学としての医学部へと発展しました。

2003年（平成15年）10月、国立学校設置法の一部改正により、香川医科大学と香川大学が統合して現在の「香川大学医学部」が誕生しました。総合大学の一学部となったことで、他学部との交流や学際的な連携が一層進むきっかけとなりました。

香川医科大学時代の1996年（平成8年）4月、医療の高度化やチーム医療の進展に対応するため、新たに看護学科が設置されました。隣接する附属病院での充実した臨地実習を通じて、高い臨床実践力と温かい人間性を備えた看護職を育成しています。

2018年（平成30年）4月、国立大学の医学部としては全国で初めて「臨床心理学科」が開設されました。身体の医療だけでなく「こころのケア」を専門とする心理職（公認心理師など）の養成を医学部内で行うことで、医学・看護・心理の3学科が連携した先進的な多職種連携教育（IPE）を実現しています。