Poptree2 は、遺伝子頻度データから集団の系統関係やヘテロ接合度を非常に使いやすいインターフェースで計算するWindows上で動くソフトウェアで、既に多くのユーザーに用いられている。. Poptree2では、集団分化の尺度Gstを計算してきたが、この尺度は遺伝子座の突然変異率が高い場合には、集団間に異なる対立遺伝子しかなく、同じ対立遺伝子がない場合でも、１より大幅に小さい値を示すことが知られている。このため、Poptree2に標準化Gst（Gstをその期待される最大値によって割ったもの）とJostによって考案された集団分化の尺度Dを加えた。 また、Genpop formatのデータの読み込みを可能とした。