主要目次

まえがき

日本語版への序

計算例

第1章　進化の分子生物学的基礎

• 1.1　生命の進化系統樹
• 1.2　進化の機構
• 1.3　遺伝子の構造と機能
• 1.4　ＤＮＡ配列の変化と突然変異
• 1.5　コドンとその使用頻度

第2章　アミノ酸配列の進化的変化

• 2.1　アミノ酸の違いとアミノ酸の異なるサイトの割合
• 2.2　ポアソン補正（PC)距離とガンマ補正距離
• 2.3　ブートストラップ分散と共分散
• 2.4　アミノ酸置換行列
• 2.5　突然変異率と遺伝子の置換速度

第3章　塩基配列の進化的変化

• 3.1　塩基配列間の違い
• 3.2　塩基置換数の推定
• 3.3　ガンマ補正距離
• 3.4　進化距離の推定
• 3.5　塩基配列のアラインメント
• 3.6　進化距離を推定する場合の配列ギャップの扱い方

第4章　同義および非同義塩基置換数

• 4.1　進化経路法
• 4.2　Kimuraのモデルに基づいた方法
• 4.3　コドンの第一，第二および第三ポジションでの塩基置換
• 4.4　最尤法による推定

第5章　系統樹

• 5.1　系統樹の種類
• 5.2　樹形の違い
• 5.3　系統樹作成法
• 5.4　系統樹作成法に関する論争

第6章　系統樹の推定：距離法

• 6.1　ＵＰＧＭＡ
• 6.2　最小二乗(LS:least squares)法
• 6.3　最小進化(ME:minimum evolution)法
• 6.4　近隣結合(NJ:neighbor-joining)法
• 6.5　系統樹作成に適当な進化距離

第7章　系統樹の推定：最節約法

• 7.1　最節約（MP)系統樹の作成原理
• 7.2　MP系統樹の検索方法
• 7.3　コンセンサス系統樹
• 7.4　枝長の推定
• 7.5　加重節約法
• 7.6　アミノ酸配列を用いたMP法
• 7.7　共有派生形質

第8章　系統樹の推定：最尤法

• 8.1　ML法の計算手続き
• 8.2　塩基置換モデル
• 8.3　タンパクデータを用いた最尤法
• 8.4　最尤法の理論的基礎
• 8.5　特定の樹形でのパラメーター推定
• 8.6　ベイズ法による系統樹作成

第9章　系統樹の精度と統計的検定

• 9.1　最適化原理と樹形の誤り
• 9.2　内部枝検定
• 9.3　ブートストラップ検定
• 9.4　樹形の違いの検定
• 9.5　様々な系統樹作成法の長所と短所

第10章　分子と時計と線形化系統樹

• 10.1　分子時計仮説
• 10.2　相対速度検定
• 10.3　系統樹を用いた検定
• 10.4　線形化系統樹
• 10.5　分子時計が成り立たない場合の進化時間の推定

第11章　祖先タンパクのアミノ酸配列と自然選択

• 11.1　祖先配列の推測：節約法
• 11.2　祖先配列の推測：ベイズ法
• 11.3　祖先の枝で生じた同義置換数と非同義置換数
• 11.4　各コドン・サイトにおける自然選択
• 11.5　収斂進化と平行進化

第12章　遺伝的多型と進化

• 12.1　遺伝的多型の進化的意義
• 12.2　遺伝子頻度データの解析
• 12.3　分集団における遺伝的多様性
• 12.4　多くの遺伝子座での遺伝的変異
• 12.5　ＤＮＡ多型
• 12.6　自然選択を検出するための統計的方法

第13章　遺伝的マーカーによる集団系統樹

• 13.1　遺伝子頻度データのための遺伝距離
• 13.2　制限酵素による塩基配列の解析
• 13.3　ＲＡＰＤデータの解析

第14章　将来への展望

• 14.1　統計的方法
• 14.2　ゲノム計画
• 14.3　分子生物学と進化

付録

• Ａ　数学記号と数学表記
• Ｂ　地質年代
• Ｃ　新生代と中生代の地質学的できごと
• Ｄ　化石データに基づく生物進化上のできごと

引用文献

訳者あとがき

事項索引

英語日本語対応リスト